सेब के पेड़ों की छंटाई पेड़ के स्वास्थ्य के लिए आवश्यक है। यूँ तो प्रूनिंग को गर्मी एवं सर्दी दोनों मौसम में किया जाता है, लेकिन सर्दी का समय इस प्रक्रिया के लिए अतिउत्तम माना जाता है । पर प्रूनिंग करने के पीछे कारण क्या होता है ? आइए जानते हैं । सेब के पेड़ो को काट-छांट करने के पीछे  प्रमुख कारण होता है सेब के पेड़ो के आकार को बनाये रखना । ये बहुत महतवपूरण होता है की पेड़ का झुककाव  हर तरफ बराबर हो । एक और प्रमुख वजह होती है रोगग्रस्त या क्षतिग्रस्त अंगों को हटाना और नियंत्रित ऊंचाई बनाए रखना । सेब के पेड़ों में पौध रस चलने के समय पेड़ों की प्रूनिंग करना उचित रहता है, क्योंकि सुप्तावस्था में पेड़ों की टहनियों की काट-छांट करने पर पेड़ों पर कैंकर और वूली एफिड का हमला हो सकता है, इसलिए बागवानों को फरवरी-मार्च के बीच पेड़ों की प्रूनिंग कर देना चाहिए ।